1999년 120여 출판사들이 출자하여 사업을 해오던 국내 최대의 전자책출판사가 10년만에 부도위기에 몰리는 등 어려움을 겪고 있다.
어려움의 원인은 출판사들이 종이책을 팔기위해서 최신간보다 철지난 책들을 위주로 전자책 서비스에 참여함으로써 책의 품질과 경쟁력이 떨어지게 되었다.
또한 현재까지 약 120억원의 비용으로 제작한 전자책 12만권은 저작권 문제, 판매 중단 등의 이유로 50%만 매대에 올려졌고, 한 권이라도 팔린 전자책은 20%를 이하인데도 몸집 키우기에만 주력해온 것이 문제였다.그리고 출판의 내실을 다지는 것보다 코스닥 상장만을 기대하고 운영해온 것으로 분석되었다.

북토피아는 2001년 전자책 제작·판매 회사인 와이즈북과 합병하며 콘텐츠와 기술력을 갖춘 전자책 분야의 최대 규모 기업이 됐다. 국내 전자책 시장은 현재 1천억원 규모로 추정되는데, 북토피아는 재작년 100억원 가량의 매출을 올렸다.

북토피아는 1200개 공공 및 학교 도서관에 전자책을 납품하는 등 한때 전자책 출판 시장의 선구자적이었다. 현재 출판사 미지급 저작권료 58억원, 부채 95억원(채권단협의회 추정 185억원)을 안고 있다. 작년 7월 새 경영진이 들어선 회사는 전 사장을 배임·횡령 혐의로 고소하였다. 작년 11월 출판계가 꾸린 채권단협의회는 피해 출판사가 약 1200여개사이고 저작권료를 지급받지 못한 출판 브랜드 108개사라고 집계했다.

새로운 경영진은 투자자 유치가 성사단계라고 주장하면서 채권단에게 미지급 저작권료를 일부 갚을 수 있다고 설득하고 있지만, 주요 주주들의 비상대책위원회는 새로운 경영진에게도 책임을 묻고 회사의 방향을 결정할 예정이다.업계에서는 이번 사태를 타산지석으로 삼아 실제로 확인되지 않은 전자책에 대한 장밋빛 전망에 대하여 재점검해야 한다는 의견을 내놓고 있다.